Auk skaðlegra efna eru ótal bakteríur og veirur í skólpi. Þess vegna er klórsótthreinsun mikið notuð til að drepa bakteríur og vírusa í vatni á frárennslisstigi kranavatns og skólphreinsistöðva.
Við meðhöndlun á kælivatni í hringrás iðnaðar er klór einnig notað til að dauðhreinsa og fjarlægja þörunga. Í kælivatnshringrásinni, vegna uppgufunar hluta vatnsins, eru næringarefnin í vatninu einbeitt og bakteríur og aðrar örverur fjölga sér í miklu magni og mynda auðveldlega slímóhreinindi. Of mikið slímóhreinindi mun leiða til stíflu og tæringar.
Klórun felur venjulega í sér að sprauta klór í vatn til að drepa bakteríur og aðrar örverur, venjulega í flöskum klór.
Til að viðhalda bakteríudrepandi áhrifum ætti alltaf að halda klórleifunum við {{0}}.5 ~ 1mg/L í losuðu vatni og við enda vatnsveitukerfisins við 0 ,05 ~ 0,1mg/L.